Bidangkuasa pentadbiran agama Islam di Malaysia terletak di bawah negeri-negeri. Pertubuhan atau entiti di bawah Persekutuan hanyalah sebagai penyelaras dan pengantara.

Badan Bebas Kerajaan

• Jawatankuasa Tertinggi Institusi Hal Ehwal Islam Persekutuan - ditubuhkan oleh Majlis Raja-raja
• Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia - ditubuhkan oleh Majlis Raja-raja
• Majlis Syura Negeri Pulau Pinang - ditubuhkan oleh Kerajaan Negeri Pulau Pinang.
• Jilsah Turuq Sufiyyah Negeri Sembilan - ditubuhkan oleh Kerajaan Negeri Sembilan

Agensi di bawah Jabatan Perdana Menteri

(Tidak termasuk agensi untuk Wilayah Pesekutuan)

• Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM)
• Jabatan Kehakiman Syariah Malaysia (JKSM)
• Jabatan Wakaf, Zakat dan Haji (JAWHAR)
• Yayasan Dakwah Islamiah Malaysia (YADIM)
• Institut Kefahaman Islam Malaysia (IKIM)
• Lembaga Tabung Haji
• TV AlHijrah
• Yayasan Waqaf Malaysia
• Yayasan Pembangunan Ekonomi Islam Malaysia (YaPIEM)
• Al-Hijrah Media Corporation

Majlis Agama Islam Negeri

• Majlis Agama Islam Negeri Johor
• Majlis Agama Islam Negeri Sembilan
• Majlis Agama Islam Melaka
• Majlis Agama Islam Selangor
• Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan
• Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Perlis
• Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Perak
• Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Terengganu
• Majlis Agama Islam Negeri Kedah
• Majlis Agama Islam Negeri Pulau Pinang
• Majlis Agama Islam Wilayah Persekutuan
• Majlis Islam Sarawak
• Majlis Ugama Islam Dan Adat Resam Melayu Pahang
• Majlis Ugama Islam Sabah

Jabatan Agama Islam Negeri-negeri

• Jabatan Agama Islam Melaka
• Jabatan Agama Islam Negeri Johor
• Jabatan Agama Islam Perak
• Jabatan Agama Islam Sarawak
• Jabatan Agama Islam Selangor
• Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Kelantan
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Kedah
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Pulau Pinang
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sabah
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan
• Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Perlis
• Jabatan Hal Ehwal Agama Terengganu

Jabatan Mufti Negeri-negeri

• Jabatan Mufti Kerajaan Negeri Sembilan
• Jabatan Mufti Negeri Kedah
• Jabatan Mufti Negeri Kelantan
• Jabatan Mufti Negeri Melaka
• Jabatan Mufti Negeri Pahang
• Jabatan Mufti Negeri Perak
• Jabatan Mufti Negeri Pulau Pinang
• Jabatan Mufti Negeri Sarawak
• Jabatan Mufti Negeri Selangor
• Jabatan Mufti Negari Terengganu
• Pejabat Mufti Negeri Sabah
• Pejabat Mufti Wilayah Persekutuan